Zur Diagnose gehört neben einer Untersuchung der Mundschleimhaut die Anamnese. Die Krankheitsgeschichte des Patienten, also die Symptome, die zeitlichen Abläufe und eventuellen Auslöser der Erkrankung, kann dem Arzt wertvolle Hinweise für die Diagnose einer Mundschleimhautentzündung geben.

Durch eine Untersuchung der die Mundhöhle auskleidenden Schleimhaut können die Symptome betrachtet und eingeschätzt werden. Aufgrund der Einschätzung der Symptome kann die Mundschleimhautentzündung in verschiedene Stadien eingeteilt werden. Bei der Untersuchung kann ein Abstrich genommen werden, durch den dann Kulturen angesetzt werden, die dadurch eine Identifizierung der Erreger ermöglichen.

Verschiedene Ursachen können eine Mundschleimhautentzündung hervorrufen. Eine Mundschleimhautentzündung kann durch bakterielle Erreger entstehen, sie kann aber auch durch Pilze, Viren, Verletzungen, Verbrennungen oder etwa durch scharfe Speisen, Alkohol oder Nikotin verursacht werden. Allergische Reaktionen kommen ebenfalls als Ausgangspunkt infrage. Auch durch eine Strahlen- oder Chemotherapie kann in vielen Fällen eine Mundschleimhautentzündung entstehen.

Die meisten dieser Auslöser bedingen eine Schleimhauttrockenheit, außerdem kann durch eine Infektion mit Pilzen, Bakterien etc. das Immunsystem geschwächt werden. So wird die Besiedelung mit Krankheitserregern und damit die Entstehung einer Mundschleimhautentzündung begünstigt.

Die Mundschleimhaut übernimmt mehrere Funktionen: Sie ist für die Abwehr von Krankheitserregern zuständig und enthält Geschmack wahrnehmende Sensoren sowie Speichel produzierende Drüsen. Oft ist sie unterschiedlichen Beanspruchungen ausgesetzt, die diese Funktionen einschränken können: Krankheiten, unausgewogene Ernährung, Zahnprothesen und Medikamente gehören dazu.

In solchen Fällen, insbesondere aber nach einer Strahlen- oder Chemotherapie, kann es zu einer Mundschleimhautentzündung kommen. Die Mundschleimhaut ist dann gerötet, geschwollen, brennt und schmerzt; es können sich Blasen oder Risse bilden.