Die Therapie der Mundschleimhautentzündung muss je nach Ursache, Verlauf und Stadium angepasst werden: sowohl unterschiedliche Mittel als auch unterschiedliche Arten der Anwendung stehen zur Verfügung. Während bei einer von Bakterien oder Pilzen verursachten Mundschleimhautentzündung Antimykotika oder Antiseptika helfen können, können Aphten meist mit speziellen Zahnpflegeprodukten behandelt werden.

Andere Verursacher, wie zum Beispiel bei der strahlenbedingten Mundschleimhautentzündung, können nicht ursächlich bekämpft werden. Hier kann die Therapie nur die Symptome lindern. In allen Fällen sollte bei einer Mundschleimhautentzündung auf intensive und sorgfältige Pflege und Reinigung der Mundhöhle geachtet werden.

Zur Diagnose gehört neben einer Untersuchung der Mundschleimhaut die Anamnese. Die Krankheitsgeschichte des Patienten, also die Symptome, die zeitlichen Abläufe und eventuellen Auslöser der Erkrankung, kann dem Arzt wertvolle Hinweise für die Diagnose einer Mundschleimhautentzündung geben.

Durch eine Untersuchung der die Mundhöhle auskleidenden Schleimhaut können die Symptome betrachtet und eingeschätzt werden. Aufgrund der Einschätzung der Symptome kann die Mundschleimhautentzündung in verschiedene Stadien eingeteilt werden. Bei der Untersuchung kann ein Abstrich genommen werden, durch den dann Kulturen angesetzt werden, die dadurch eine Identifizierung der Erreger ermöglichen.

Die Mundschleimhaut übernimmt mehrere Funktionen: Sie ist für die Abwehr von Krankheitserregern zuständig und enthält Geschmack wahrnehmende Sensoren sowie Speichel produzierende Drüsen. Oft ist sie unterschiedlichen Beanspruchungen ausgesetzt, die diese Funktionen einschränken können: Krankheiten, unausgewogene Ernährung, Zahnprothesen und Medikamente gehören dazu.

In solchen Fällen, insbesondere aber nach einer Strahlen- oder Chemotherapie, kann es zu einer Mundschleimhautentzündung kommen. Die Mundschleimhaut ist dann gerötet, geschwollen, brennt und schmerzt; es können sich Blasen oder Risse bilden.